در مورد بیماریهای کودکان، جراح اطفال تشخیص ، آماده سازی قبل از عمل ، انجام جراحی و مراقبت های بعد از عمل کودک را بر عهده دارد. همچنین برخی ناهنجاری های نوزادان به گونه ای است که در صورت عدم جراحی در ساعات اولیه زندگی ، ادامه حیات برای نوزاد میسر نخواهد بود. در این موارد تشخیص سریع و انجام به موقع جراحی توسط متخصص و جراح اطفال تاثیربسزایی در موفقیت عمل خواهد داشت. با توجه به امکانات فراهم شده در گروه جراحی اطفال بیمارستان شهید فکوری ، امکان انجام جراحی در حوزه های مختلف اعصاب ، قلب، اورولوژی ، ارتوپدی و غیره توسط جراحان مجرب وجود دارد.