خدمات ویژه و فوق تخصصی ارائه شده توسط گروه پزشکی بیمارستان شهید فکوری عبارتند از:
تشخیص ، درمان و کنترل شرایط اورژانسی مختلف در کودکان و نوزادان 
تشخیص ، درمان و کنترل بیماریهای عفونی مختلف و تب های طولانی مدت
تشخیص،درمان و کنترل بیماریها و نقص های مادر زادی نوزادان ، مدیریت نوزادان نارس و کنترل عوارض ناشی از نارسی نوزاد با حضور پزشکان فوق تخصص نوزادان
تشخیص ، درمان و کنترل بیماریهای دستگاه عصبی از جمله تشنج های مختلف
تشخیص ، درمان و کنترل بیماریها و اختلالات خونی از جمله کم خونی های مختلف
تشخیص ، درمان و کنترل بدخیمی های انواع ارگان های بدن با حضور پزشکان فوق تخصص  خون و انکولوژی کودکان 
تشخیص ، درمان و کنترل بیماریهای قلبی عروقی جنین و کودکان از جمله بیماریهای مادرزادی قلبی و مشکلات دریچه ای، همچنین انجام اقدامات مداخله ای تشخیصی و درمانی در زمینه قلب کودکان از جمله آنژیوگرافی کرونر و انجام اینترونشنال کاردیولوژی کودکان (گروه فوق تخصصی قلب کودکان)
تشخیص ، درمان و کنترل مشکلات و بیماریهای گوارشی
 تشخیص ، درمان و کنترل بیماریهای کلیه و مجاری ادراری با حضور پزشکان فوق تخصص بیماریهای کلیه کودکان 
تشخیص و درمان و کنترل آسم و سایر آلرژی ها، بیماریهای روماتیسمی و نواقص و اختلالات سیستم ایمنی 
تشخیص، درمان و کنترل بیماریهای غدد درون ریز از جمله دیابت و اختلالات غده تیروئید.
تشخیص ، درمان و کنترل بیماریهای دستگاه تنفسی
تشخیص ، درمان و کنترل مشکلات و بیماریهای متابولیکی مادرزادی و ژنتیکی
تشخیص ، درمان و کنترل بیماریهای عضلانی اسکلتی از جمله میوپاتی ها،دیستروفی ها و سندرم گیلن باره